El partido de vuelta jugado en Arequipa la semana siguiente terminó 0-0, cerrando así su participación en el plano internacional, habiendo jugado 12 partidos entre ambos torneos. Culminada la participación de Melgar en torneos internacionales y el Torneo Apertura (donde terminó en 11° posición), el torneo local entró en receso debido a la Copa América. En el Apertura 2006, aún bajo la conducción de Mario Soto, se ubicó último en su grupo, con solo 5 victorias en 18 partidos (décimo quinto el tabla general).
