Con vistas a la temporada 2011/12 se firma un contrato con la compañía Nike como proveedor de las diferentes categorías del club. Su mejor actuación se produjo en el campeonato 2011-12 con un cuarto puesto, mientras que su peor actuación se registró en la temporada 2005-06 cuando finalizó en vigésimo y último puesto. La sanción a la Juventus fue aplicada al finalizar el campeonato 2005/2006 lo que significó que el equipo perdiera todo su puntaje obtenido. Lesia, al relatar cómo los miembros del equipo organizador se agarraron de las manos en las primeras filas de asientos del estadio y liberaron toda la tensión acumulada durante semanas. De- gustación de cavas, vinos, ge-nerosos y bebidas primeras marcas a precios popularísi mos, CIRO’S (Muntaner, 244. T.209-59-38 y 200-77-14). Todas las noches música de baile. La temporada 1990/91 en la categoría de plata supuso un intento desesperado por ascender a Primera División manteniendo buena parte de la plantilla que había descendido y asumiendo riesgos más altos para la cada vez más maltrecha economía del club.
El equipo logró mantener satisfactoriamente la categoría en la temporada 1982/83, en una temporada sin grandes alardes que finalizó con el Málaga en décima posición. El Málaga llegaba a la última jornada tras once partidos sin ganar. Tras una angustiosa temporada (2009/10), el equipo consiguió la permanencia en la última jornada de liga, el 16 de mayo de 2010, después de empatar (1-1) frente al Real Madrid en La Rosaleda. En el año 2006 accedió por primera vez a una competencia internacional, al jugar la Copa Sudamericana de ese año, pero no pudo pasar la primera fase en enfrentamientos frente a Nacional. El 27 de agosto de 2002, el club conquistó la Copa Intertoto, que daba derecho a jugar la Copa de la UEFA. La Copa Sudamericana 2010 vio a Independiente eliminar a Argentinos en primera fase, logro que lo clasificó a los octavos de final contra Defensor Sporting. El 6 de noviembre de 2012, el equipo se clasifica para los octavos de final de la Liga de Campeones de la UEFA tras empatar a uno en San Siro contra el AC Milan.
Así mismo, el Málaga CF está en el puesto 162 de la clasificación histórica de la Liga de Campeones de la UEFA de sus 513 participantes históricos. Ocupa el vigesimoprimer puesto en la Clasificación histórica de la primera división española de fútbol entre los sesenta y tres clubes participantes en alguna ocasión en la máxima categoría del fútbol español. En cuanto al panorama internacional, el club ha participado en la máxima competición continental, la Liga de Campeones de la UEFA durante la temporada 2012-13, siendo el undécimo club español en hacerlo. Se iniciaba por lo tanto una nueva e importante etapa en la máxima categoría, en la que el club batió el récord de permanencia en la misma, con siete temporadas consecutivas en la máxima categoría del fútbol nacional. Nada hacía presagiar que en la temporada 1983/84 esa misma plantilla, sin excesivos cambios en la misma, podría llegar a tener un rendimiento tan diferente y cuanto menos superior.
Después una exitosa campaña, ascendió a Segunda División B, sin embargo, supervigo en la temporada 1993/94 las premisas de confección de la plantilla no cambiaron demasiado y se volvió a descender a Tercera. Memoria, Compromiso y Fe, coincidiendo con las siglas del club. El cuñado de Macri: parodia al parapsicólogo Néstor Leonardo, cuñado del Presidente de la República Argentina, Mauricio Macri, quien tuvo un confuso episodio. Ese mismo verano, Fernando Sanz, hijo del expresidente del Real Madrid, Lorenzo Sanz, se hizo con el control del 97% de las acciones de la sociedad, convirtiéndose en presidente del club. En la temporada 2001/02, el equipo experimenta una serie de variaciones en el organigrama tras el fallecimiento de su propietario Antonio Asensio, siendo el directivo del Grupo Zeta Serafín Roldán el presidente que reemplaza al saliente Fernando Puche. En la temporada 1988/89 esta tendencia continúa con la llegada de John Lauridsen, Antonio Álvarez y Francisco Pineda, con el propósito de mantener la categoría sin grandes apuros. Solo el ascenso del entrenador del filial, Antonio Tapia, y la llegada del goleador brasileño Fernando Baiano consiguieron asegurar la permanencia del Málaga en Primera.